根据土地管理法规定，我国土地产权分为全民所有制和集体所有制，全民所有制即国家所有制，由国务院代表国家行使所有权;农民集体所有的土地依法属于村民集体所有，其所有权归村集体经济组织或村民委员会行使。但是国家所有权和集体所有权的内涵并不一致，集体所有制土地的适用范围被严格限制了。
这就产生了第一个“冲突”——所有权内涵不一致。除了所有权制度以外，我国还实行土地用途管理制度和耕田保护制度。土地用途管理制度将土地分为农用地、建设用地和未利用地，而建设使用的土地必须依法申请使用国有土地。如果集体土地要用于经营建设怎么办?必须通过征用或征收为国有土地。
这就产生了第二个矛盾：所有权和征收权主体不一致。集体所有制土地的所有者是村集体，征收集体所有制土地的权限在于县级人民政府。县级政府能不能完全代表村民利益?对于过手的征地补偿款，怎么保证其不动心?
第三个矛盾在于严格保护耕地原则与市场经济规则的“利益冲突”。随着市场经济的发展，在土地使用中的经济效益高的经济组织形式将逐步替代经济效益低的组织形式。但是在严格保护耕地的情况下，耕地地籍“农转非”变得愈加困难。然而有些“农转非”用地并不是不审批就不会被占用，因而存在大量占用耕地的事实与在册地籍用途之间的矛盾。
第四个矛盾是规划总量与微观使用之间的脱节。我国建设用地实行总量控制，但这种建设用地的总量控制与货币供给的总量控制政策不同，其缺少市场工具的调节，而单一采用行政控制手段。这不仅造成了宏微观用地的时间脱节、区域脱节、名义用途与实际用途的脱节，还会造成各种相关部门多种利益的纠葛。
第五个矛盾是使用权与所有权分离。在市场经济的冲击下，集体所有制土地逐渐衍生出承包权、经营权、抵押权、流转权以及收益权等要求，但是由于农村经营性用地各种权限处于灰色地带，没有明确的法律权益规定，其流转起来就会遇到各种阻碍，矛盾和冲突因此而生。
上述问题是农村集体土地制度建设滞后于市场经济造成的。如何解决这些问题，对于加快土地改革，建设统一的城乡建设用地市场而言，意义重大。